Das Problem besteht darin, dass nach dem Update von Piwik auf die aktuelle Version 1.2 keine Besucher auf den Websites mehr getrackt werden. D.h. es werden nicht einmal Einträge in der dafür vorgesehenen Tabelle log_visits in der Datenbank erstellt. Beheben lässt sich das Problem durch eine kleine Abänderung im Code von Piwik.
Ändern Sie dazu in der Datei /core/Tracker/Visit.php die Zeile 437 auf:
'visitor_returning' => ($visitCount > 1 || $this->isVisitorKnown()) ? 1 : 0,